Aρμόδια αρχή για την εποπτεία του Μητρώου Διαφάνειας και την τήρηση των υποχρεώσεων του Μέρους Α΄του ν. 4829/2021 είναι η Εθνική Αρχή Διαφάνειας.
Η Εθνική Αρχή Διαφάνειας είναι ανεξάρτητη αρχή, η οποία συστάθηκε με το Κεφάλαιο Γ’ του Μέρους Δ’ του ν. 4622/2019 (ΦΕΚ Α’ 133), με βασικό σκοπό την ενίσχυση της διαφάνειας, της ακεραιότητας και της λογοδοσίας στη δράση δημοσίων φορέων, καθώς και την πρόληψη, την αποτροπή, τον εντοπισμό και την αντιμετώπιση φαινομένων απάτης και διαφθοράς.
Ως Εποπτεύουσα Αρχή, η Εθνική Αρχή Διαφάνειας έχει σύμφωνα με τον ν. 4829/2021 συγκεκριμένες αρμοδιότητες. Ειδικότερα, η Αρχή εξετάζει είτε αυτεπαγγέλτως, είτε κατόπιν καταγγελίας ή υποβολής αναφοράς από θεσμικούς φορείς ή οποιονδήποτε τρίτο, τυχόν παραβίαση των υποχρεώσεων των εκπροσώπων συμφερόντων. Επιπλέον, δύναται να διενεργεί ελέγχους και να καλεί τους εκπροσώπους συμφερόντων για την παροχή εξηγήσεων. Σε περίπτωση διαπίστωσης παραβίασης των υποχρεώσεών τους, η Αρχή δύναται να προβαίνει σε σύσταση ή να επιβάλει πρόστιμο, αναστολή άσκησης των δραστηριοτήτων επιρροής, προσωρινή ή οριστική διαγραφή από το Μητρώο. Επιπρόσθετα, η Αρχή παρακολουθεί τη συνολική λειτουργία του Μητρώου, ενώ σε συνεργασία με αρμόδιους φορείς καταρτίζει κώδικα δεοντολογίας για τους εκπροσώπους συμφερόντων. Τέλος, εκδίδει κατευθυντήριες γραμμές, διοργανώνει δράσεις ευαισθητοποίησης, επικοινωνεί και ανταλλάσσει ορθές πρακτικές και εμπειρίες με αντίστοιχους φορείς του εξωτερικού.